Позиционирование блоков

у вас класс clearfix сделан для того чтобы обозначить, что блок заканчивается, вам нужно будет блок слайдшоу обернуть в один див с классом col-1 и внутри с классом inner и вторую колунку обернуть в див с классом col-2 и внутри с классом inner, чтобы было вот так:

<div class="col-1">
  <div class="inner">
    слайдшоу
  </div>
</div>
<div class="col-2">
  <div class="inner">
    второй блок справа
  </div>
</div>

и CSS для этого случая:

.col-1{
  width: 400px;
  float: left;
}

.col-2{
  width: 400px;
  float: right;
}

.inner{
  clear: both;
}

Это я так понимаю в шаблоне обертку делать?

да можно в шаблоне сделать эту обертку, а сами блоки выводить через module_invoke(), как здесь:

Вставка блока в любой шаблон (drupal insert block into template)

Я вот начал подумывать о применении панелей. Имхо их проще темезировать и они проще встанут на место. Так ли это?

Да панелями проще разбираться, некоторые даже утверждают что панели работают быстрее, чем блоки. У меня с панелями не сложилось, поэтому их не использую. Если вам они вас устраиват, то конечно используйте их.

Решил не заморачиваться панелями и не грузить лишним кодом, поэтому просто на блоках сменил float на альтернативные стороны, поменял блоки местами в очередности и они встали на места:)

Я тоже думаю, что CSS это наше все)