Protection de Drupal avec htaccess

J'ai remarqué que si le site est téléchargé avec un programme comme HTTrack, la règle Options -Indexes n'affecte en rien la visualisation des répertoires, car ce programme télécharge une partie des modules de Drupal.

De plus, HTTrack affiche les modules installés, ce qui est déjà un inconvénient majeur, car ce petit logiciel permet également de télécharger partiellement le contenu des modules, montrant aux attaquants les versions des bibliothèques.. 

La question est donc : comment, via htaccess, peut-on interdire au moins le téléchargement du contenu des modules sans compromettre le fonctionnement même du site ?