サイトデザインの始め方

こんにちは。石を投げないでください。こんな質問です。私は以前 Drupal でのサイト制作をしたことがなく、HTML と CSS しか知りません。あなたのレッスンのおかげで、ローカルサーバー上に自作の bootstrap テーマをベースにしたサイトを作成しました。テーマを自分のニーズに合わせて仕上げるには、この先どう進めるのが正しいでしょうか。私の理解では、まずリージョンとブロックを変更して、それらから自分のニーズに合わせてサイトの骨組みを形成し、ページなどを追加していく、ということで合っていますか(それとも、すべては何か特定の HTML ファイルの中で追加・変更するのでしょうか)?スタイルはどう変更するのが正しいですか?これは自分のテーマの style.css ファイルで行うべきでしょうか、それとも他の何かのファイルで行うほうがよいでしょうか?ご回答本当にありがとうございます。