Proteção do Drupal com htaccess

Notei que se o site foi baixado por um programa como o HTTrack, a regra Options -Indexes não tem efeito sobre a visualização de diretórios, pois esse programa baixa parte dos módulos do Drupal.

Além disso, o HTTrack mostra os módulos instalados, o que já é um ponto negativo e grande, pois esse programinha ainda permite baixar parcialmente o conteúdo dos módulos, mostrando ao atacante as versões das bibliotecas.. 

A questão é: de que forma, via htaccess, é possível proibir ao menos o download do conteúdo dos módulos, sem prejudicar o funcionamento do próprio site?