Tematização de menu (template.php)

Olá, no arquivo template.php insiro o seguinte código

function nome_do_tema_menu_link__main_menu(array $variables) {

  $element = $variables['element'];
  $sub_menu = '';

  if ($element['#below']) {
    $sub_menu = drupal_render($element['#below']);
  }
  $output = '<span>'. l($element['#title'], $element['#href'], $element['#localized_options']) .'</span>';
  return '<li' . drupal_attributes($element['#attributes']) . '>' . $output . $sub_menu . "</li>\n";
}

mas a tag <span> não aparece,

function nome_do_tema_links__system_main_menu(&$vars) {
  foreach ($vars['links'] as &$link) {
    $link['title'] = '<span>' . $link['title'] . '</span>';
    $link['html'] = TRUE;
  }
  return theme_links($vars);
}

esta construção funciona, mas o wrapper não está onde deveria, dentro da tag <a><span></span></a>

Por favor, me digam qual é a causa da primeira construção não funcionar?